Många viktiga neurologiska sjukdomar åtföljs av autoimmun patofysiologi som gör dem svårbehandlade med traditionella metoder. Terapeutisk aferes har visat sig vara ett värdefullt och viktigt behandlingsalternativ vid neurologiska sjukdomar som Guillain-Barrés syndrom, myastenia gravis och andra perifera tillstånd. Det har också funnits ett stort intresse för de framsteg som gjorts med användning av extrakorporeala tekniker för att behandla idiopatisk encefalit och en delgrupp patienter med multipel skleros. Vidare har ett nytt forskningsområde börjat utvärdera möjligheten att använda terapeutisk aferes för att förbättra de kognitiva funktionerna hos patienter med vaskulär demens.